И, наконец, по сути.
1) логика не верна в своей основе. Могу предложить аналогию песочных часов: песок, стекло, подставка - все это химические соединения, органеллы, плазмолемма, ткани и проч. А вот жизнь - это собственно процесс истечения песка. Можно изучить досконально и размер и количество песочных крупинок, диаметр отверстия между половинками колбы, толщину стекла и т.д. Поможет ли это ответить на вопрос "Что перевернуло часы?" Что произошло - мы узнаем, а как произошло - нет.
2) неверно думать, что биохимические процессы в клетках - что-то большее, чем химия. Они вполне и в пробирке идут, просто в клетке их много, тесно взаимосвязанных и взаимно регулирующихся.
3) Skarlett верно указала, что к моменту выделения растений, грибов и животных эукариоты уже давным-давно существовали, простейшие. Он не имеет отношения к рассматриваемому вопросу.
4) Неверно представление о том, что растения полностью автономные и могут жить без участия других организмов. Это не бактерии, которые могут расти на стерильной среде. Например, фиксировать атмосферный азот они не умеют.
Кроме того, неверно и представление, что жизнь возможна вне экосистемы, то есть трансформации вещества и энергии: и если энергия теряется в конечном счете, то вещество должно совершать кругооборот. Если что-то выпадает из него - экосистема вырождается и погибнет (а идеальных экосистем нет, потому они и сменяются, не только от смены внешних условий).
5) Неверно думать, что до определенного момента разделения была какая-то одна-единственная ДНК. Она неодинакова даже у организмов одного вида, а уж тем более у пула предшественников. Древо, построенное по рРНК ничего нам не говорит о сходстве геномов, только о эволюционной линии.
6) Для прояснения вопроса о первопредке надо брать наиболее примитивные соответственно, они ближе. Сильно дифференцированные организмы современности и сильно далеки от
LUCA.
7) Происхождение жизни, абиогенез - вопрос химии по большей части. А вот происхождение эукариот - биология. Просто разные темы.