Форум атеистов Рунета

Текущее время: 28 мар 2024, 22:31

Часовой пояс: UTC + 4 часа




Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 99 ]  На страницу Пред.  1 ... 6, 7, 8, 9, 10  След.
Автор Сообщение
 Заголовок сообщения: Re: Двойная спираль.
СообщениеДобавлено: 25 июл 2018, 21:09 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 19 янв 2013, 08:30
Сообщения: 39242
Сегодня День рождения Розалинды Франклин.

_________________
"Религия оскорбляет достоинство человека. С религией или без неё, хорошие люди будут делать добро и плохие люди будут делать зло. Но чтобы заставить хорошего человека делать зло —для этого необходима религия" Стивен Вайнберг


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Двойная спираль.
СообщениеДобавлено: 23 мар 2019, 01:11 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 20 авг 2015, 10:35
Сообщения: 5511
Откуда: Днепр
Скорость чтения-записи ДНК разогнали до 1,9 бит/час

Ученые Вашингтонского университета (США) и корпорации Microsoft смогли записать данные на ДНК, как на какой-нибудь цифровой носитель. Они автоматизировали процедуру кодирования цифровых данных в «генетический алфавит» и потратили на запись в ДНК слова hello и его чтение 21 час.

...
ученые автоматизировали систему и создали комплекс, внутри которого происходят все стадии процесса.
Выглядит он так:

Изображение
Чтобы апробировать свою установку, ученые перевели слово Hello в двоичный код, получив последовательность размером 5 байтов (01101000 01100101 01101100 01101100 01101111), а затем перевели его в четверичный код, в котором А был нулем, Ц единицей, Г = 2, а T = 3. После этого установка синтезировала ДНК в соответствующей последовательности. Всего насинтезировали 1 миллиграмм ДНК, из которого в секвенатор по специальному насосу отправилось 4 микрограмма.

Система расшифровывает ДНК нанопоровым секвенированием. В этом методе используется тонкая мембрана всего в полтора нанометра толщиной, в которую встроены белки-поры. Мембрана делит пополам камеру с раствором электролита, в котором плавает ДНК. Когда через систему подается ток, ДНК, которая заряжена отрицательно, ползет к «плюсу», по ту сторону мембраны. По дороге она протискивается через поры, и азотистые основания, из которых она состоит, затыкают дырку. Ручеек ионов электролита, который тоже течет через пору, становится уже, и сила тока, текущего через мембрану, падает. Разные нуклеотиды имеют разную форму и в разной степени затыкают проход, поэтому по снижению тока можно определить, какой именно нуклеотид сейчас лезет через пору.

Секвенаторы такого типа позволяют расшифровывать очень длинные куски ДНК, до 100 000 пар оснований. Правда, точность у них ниже, чем у лучших секвенаторов других типов, — количество ошибок может доходить до 10%. Зато стоят они от 1000 долларов, размером меньше смартфона и работают быстро — у авторов статьи процесс расшифровки занял шесть минут. Весь остальной процесс не был таким же быстрым. На всё про всё ушел 21 час, причем львиную долю времени занял синтез ДНК.

Как пишут ученые, 5 байтов за 21 час пока нельзя назвать коммерчески жизнеспособными показателями. Тем не менее прежние технологии хранения данных тоже начинали с не очень впечатляющих результатов. Сейчас ученые собираются уменьшить время синтеза ДНК, а также сделать многократными запись и считывание информации.

_________________
Понимание происходящего вовсе
не означает, что у него есть смысл.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Двойная спираль.
СообщениеДобавлено: 23 мар 2019, 01:13 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 20 авг 2015, 10:35
Сообщения: 5511
Откуда: Днепр
Компьютер на базе ДНК смог выполнить разные функции: от сортировки палиндромов до генерации рандомизированных паттернов.

Ученые из Университета Мейнут (Ирландия) и Калифорнийского технологического института на примере продемонстрировали, что возможна концепция перепрограммируемого компьютера на базе ДНК. Статья опубликована в журнале Nature.
...
Изображение
Вначале ученые использовали технологию ДНК-оригами, чтобы уложить длинную последовательность ДНК в определенную форму. Это форма становится основой для алгоритмического ряда. Кроме того, они разработали 355 ДНК-фрагментов (DNA tiles) — строительные блоки для программируемой самосборки, состоящие из нуклеиновых оснований. Основу и фрагменты помещают в один раствор. С течением времени они соединяются и образуют структуру, которая представляет собой финальный результат алгоритмических вычислений.
Используя эту систему, авторы создали 21 алгоритм, каждый из которых выполняет свою уникальную функцию. Среди них есть те, которые способны определять четность числа, сортировать палиндромы, распознавать числа, кратные трем, и считать до 63. Выполняемые функции зависят от выбранных фрагментов.
...


(с)

_________________
Понимание происходящего вовсе
не означает, что у него есть смысл.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Двойная спираль.
СообщениеДобавлено: 23 мар 2019, 09:33 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 19 янв 2013, 08:30
Сообщения: 39242
Я как-то не очень понимаю, зачем нужен такой носитель, как ДНК. Чисто технически - это не лучший вариант.

_________________
"Религия оскорбляет достоинство человека. С религией или без неё, хорошие люди будут делать добро и плохие люди будут делать зло. Но чтобы заставить хорошего человека делать зло —для этого необходима религия" Стивен Вайнберг


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Двойная спираль.
СообщениеДобавлено: 23 мар 2019, 13:24 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 17 авг 2012, 21:37
Сообщения: 32141
Откуда: Новороссийск
Технически преимуществ никаких. Зато проверка возможностей, типа ура, у нас получилось. В природе вряд ли тоже ДНК в качестве перфоленты используется, но чисто для прикола какое-нибудь сообщение закодировать можно и передавать из поколения в поколение, пока вид существует.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Двойная спираль.
СообщениеДобавлено: 23 мар 2019, 14:46 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 20 авг 2015, 10:35
Сообщения: 5511
Откуда: Днепр
Да, когда подобные статьи начинают или заканчивают общими словами, что ДНК - программирование - перспективное направление, вызывает умиление.

С другой стороны, помните задачу коммивояжера ?
В статье было написано (не в этой статье, в древней здесь в теме), что нынешние математические алгоритмы решают ее гораздо эффективней. Но современный алгоритм был предложен не так давно. Ну там вроде бы счет на десятилетия. А перед этим решения тупо не было.

ДНК-программирование решало абсолютно иначе. И пусть хуже, нежели современный алгоритм, но решало ! А совсем недавно хорошего алгоритма и не было.

Представьте, что оседлали бы ДНК чуть раньше. Либо повременили бы с предложенным алгоритмом математики. И было бы перспективное направление. Нашли бы применение.

Возможно, есть масса потенциальных задач, где ДНК может еще пригодиться даже с позиции целесообразности.

На сегодня - нет, это да.

_________________
Понимание происходящего вовсе
не означает, что у него есть смысл.


Последний раз редактировалось andreyyy 23 мар 2019, 14:55, всего редактировалось 1 раз.

Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Двойная спираль.
СообщениеДобавлено: 23 мар 2019, 14:50 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 19 янв 2013, 08:30
Сообщения: 39242
Цитата:
Технически преимуществ никаких. Зато проверка возможностей, типа ура, у нас получилось. В природе вряд ли тоже ДНК в качестве перфоленты используется, но чисто для прикола какое-нибудь сообщение закодировать можно и передавать из поколения в поколение, пока вид существует.
Не лучшая идея, потому что сообщение быстро "затрется". В зависимости от времени смены поколений, конечно, но тем не менее.
Скажем, посадив "сообщение" в бактерии, не получится достичь даже долговечности обычного CD.

_________________
"Религия оскорбляет достоинство человека. С религией или без неё, хорошие люди будут делать добро и плохие люди будут делать зло. Но чтобы заставить хорошего человека делать зло —для этого необходима религия" Стивен Вайнберг


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Двойная спираль.
СообщениеДобавлено: 23 мар 2019, 14:55 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 20 авг 2015, 10:35
Сообщения: 5511
Откуда: Днепр
Возможно, можно было бы придумать алгоритмы воссоздания исходного сообщения.
Если писать сразу в штамм, а не в одну молекулу

_________________
Понимание происходящего вовсе
не означает, что у него есть смысл.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Двойная спираль.
СообщениеДобавлено: 23 мар 2019, 14:59 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 19 янв 2013, 08:30
Сообщения: 39242
Цитата:
Возможно, есть масса потенциальных задач, где ДНК может еще пригодиться даже с позиции целесообразности.
Я тут вижу только одну хорошую идею: использовать как-то отбор на оптимизацию кода, например, для эффективных ферментов.
Это, собственно, уже сделано - последняя нобелевка по химии Арнольд, Смит и Уинтер. В принципе, работа Ф. Арнольд, она слева.
Изображение
И тогда есть смысл в чтении/записи на ДНК.
Просто как носитель - практически бессмысленно.

_________________
"Религия оскорбляет достоинство человека. С религией или без неё, хорошие люди будут делать добро и плохие люди будут делать зло. Но чтобы заставить хорошего человека делать зло —для этого необходима религия" Стивен Вайнберг


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Двойная спираль.
СообщениеДобавлено: 23 мар 2019, 15:05 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 19 янв 2013, 08:30
Сообщения: 39242
Цитата:
Если писать сразу в штамм, а не в одну молекулу
Так и получится. Штамм - это ж размножившаяся клетка.
Но читать-то крайне трудно будет.
У нас клетки HeLa, а это эукариотические клетки - там ДНК лучше защищена - уже кучу непохожих линий дали. А сколько там прошло-то? Лет 65?
А уж разделенные штаммы бактерий будут ещё сильней различаться.

_________________
"Религия оскорбляет достоинство человека. С религией или без неё, хорошие люди будут делать добро и плохие люди будут делать зло. Но чтобы заставить хорошего человека делать зло —для этого необходима религия" Стивен Вайнберг


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 99 ]  На страницу Пред.  1 ... 6, 7, 8, 9, 10  След.

Часовой пояс: UTC + 4 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 7


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения

Найти:
Перейти:  
Powered by phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB