Форум атеистов Рунета

Текущее время: 27 апр 2024, 21:27

Часовой пояс: UTC + 4 часа




Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 132 ]  На страницу 1, 2, 3, 4, 5 ... 14  След.
Автор Сообщение
 Заголовок сообщения: Абиогенез
СообщениеДобавлено: 19 сен 2012, 15:06 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 17 авг 2012, 19:45
Сообщения: 2461
ЖИЗНЬ И ТЕРМОДИНАМИКА: В ЗАЩИТУ МИРА РНК
Изображение

Термодинамика дала неожиданное подтверждение гипотезы о том, что древнейшие прото-организмы состояли из РНК.

Давайте проведем мысленный эксперимент. Представьте себе коробку, содержащую весь набор атомов и молекул, имевшихся в «пребиотическом бульоне», в котором некогда зародилась жизнь, и в тех же пропорциях. Вопрос состоит в том, с какой вероятностью они в ходе случайных столкновений сложатся хотя бы в самую простую живую клетку – какую-нибудь прото-бактерию?

Вопрос этот чрезвычайно непрост и неоднозначен. Расчеты «в лоб» говорят о том, что подобное практически невероятно, что часто служит одним из доводов, используемых креационистами – дескать, вероятность такого события не больше, чем вероятность того, что ветер, пронесшийся над свалкой запчастей, сам собой соберет современный авиалайнер. Сейчас мы не будем вдаваться в рассуждения по этой проблеме – о ней лучше прочесть в «Википедии». Лучше расскажем о том, что выудил из этой воображаемой коробки американский биофизик Джереми Ингланд (Jeremy England).

Стоит заметить, что самую зубодробительную задачу – определение того, что считать жизнью – Ингланд выносит за скобки. Для этого к нашему мысленному эксперименту он добавил некоего всеведущего биолога, который может оценивать каждую возникающую комбинацию и объявлять ее «бактерией», или же нет. В данном случае нас не интересует, как конкретно выглядит эта комбинация, речь о принципе: спустя определенное время после появления в коробке «бактерии», время, достаточное для ее деления и репликации, этот умозрительный биолог снова смотрит в коробку и проверяет, действительно ли «прото-организм» реплицировался, дав «живых» потомков.

Продолжаем наш мысленный эксперимент. Теоретически, этот всеведущий биолог мог бы проверить таким образом каждое возможное состояние молекул в коробке и выделить те их них, при которых произошло появление и деление «бактерии». Для каждого такого случая мы можем посчитать сопровождавший его рост энтропии. Иначе говоря – получить описание термодинамического состояния системы до и после деления, и тем самым оценить возможность прохождения этого процесса. Параллельно этому Ингланд рассмотрел и термодинамическую картину обратного процесса, случайной «гибели» «бактерии» с распадом на исходные молекулы.

Иначе говоря, Ингланд рассмотрел Второе начало термодинамики применительно к системе, условно представляющей абиотический бульон, в котором могло проходить появление первых живых организмов. С учетом целого ряда данных – например, о характере пептидных связей между аминокислотами в белке – ученый рассчитал изменение термодинамического состояния бактериальной системы до и после деления. Оказалось, что процесс этот чрезвычайно эффективен: по оценке Ингланда, при этом в виде тепла рассеивается лишь очень малое количество энергии, всего вдвое больше теоретически возможного минимума.

Аналогичным образом ученый рассмотрел процесс репликации РНК и ДНК, показав, что с точки зрения термодинамики удвоение РНК протекает намного проще. Этот результат замечательно согласуется с доминирующей на сегодня гипотезой «мира РНК», согласно которой самые первые прото-организмы на Земле использовали исключительно молекулы РНК – и в качестве носителя генетической информации (вместо ДНК), и в качестве биологических катализаторов реакций (вместо белков). Ингланд приходит к той же точке зрения, но с совершенно иных позиций: если раньше идея «мира РНК» возникла из оценки биохимических возможностей макромолекул, то теперь этот вывод напрашивается из их термодинамических свойств.

По публикации MIT Technology Review / Physics arXiv Blog


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Абиогенез
СообщениеДобавлено: 19 сен 2012, 21:16 
Не в сети

Зарегистрирован: 11 сен 2012, 10:01
Сообщения: 821
VasyaBit писал(а):
доминирующей на сегодня гипотезой «мира РНК»


:mrgreen:

ISSN 0031-0301, Paleontological Journal, 2007, Vol. 41, No. 5, pp. 481–488. © Pleiades Publishing, Ltd., 2007.
Original Russian Text © A.S. Spirin, 2007, published in Paleontologicheskii Zhurnal, 2007, No. 5, pp. 11–19.

When, Where, and in What Environment Could the RNA World Appear and Evolve?

(КОГДА, ГДЕ И В КАКИХ УСЛОВИЯХ МОГ ВОЗНИКНУТЬ И ЭВОЛЮЦИОНИРОВАТЬ МИР РНК?)

Рассмотрены условия внешней среды, необходимые для существования, амплификации и эволюции мира РНК, трудности абиогенного синтеза РНК и парадоксальные ситуации, возникающие в отношении стабильности РНК, ее функционирования и места мира РНК в геологической истории Земли. Обсуждается, во-первых, несовместимость химической нестабильности ковалентной структуры РНК в водной среде и необходимости воды для формирования ее функционально активных конформаций («водный парадокс»); во-вторых, несовместимость стабильной двуспиральной структуры РНК, требуемой для репликации РНК, и стабильных компактных конформаций одноцепочечных РНК, необходимых для каталитических функций (конформационный парадокс); в третьих, чересчур малый промежуток времени, или его отсутствие, в геологической истории Земли между окончанием массированной метеоритной бомбардировки (3,9 млрд. лет назад) и появлением первых свидетельств клеточной жизни (бактерий) в земных породах (3,8 – 3,85 млрд. лет назад или даже несколько ранее) (геологический парадокс). Сделан вывод о невозможности возникновения, существования и эволюции мира РНК в клеточные формы жизни на Земле. Кратко обсуждается проблема космического происхождения мира РНК и его внеземной эволюции, с последующим распространением в космосе, в основном с помощью комет, клеточной формы жизни как более устойчивой к внешним условиям по сравнению со свободной РНК.

Вот так и живём: Люди далёкие от проблем абиогенеза всё находят какието подтверждения , а люди прямо занимающиеся проблемами абиогенеза заявляют что это невозможно.
В итоге гипотеза объявляется доминирующей.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Абиогенез
СообщениеДобавлено: 28 дек 2012, 14:49 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 17 авг 2012, 19:45
Сообщения: 2461
CNews R&D писал(а):
Гипотеза: жизнь – побочный продукт энергетической реакции

Вода, камень, углекислый газ - когда-то с этих простых материалов начался путь, который привел к появлению живых клеток с их столь непохожими биоэнергетическими свойствами. Впервые гипотеза о том, как это происходило, опубликована в крупном научном труде в журнале Cell.

Первым протоклеткам, вероятно, было необходимо огромное количество энергии для того, чтобы осуществлять метаболизм и репликацию. А ферменты, выступающие в качестве катализаторов этой специфической реакции, еще только должны были развиться. Большая часть энергии, вероятно, не использовалась никак и просто рассеивалась.

Так каким же образом протоклетки сумели использовать энергию для поддержания своего существования? Ответ на этот вопрос лежит в области химии глубоководных гидротермальных источников. В своей работе Ник Лэйн из университетского Колледжа Лондона и Билл Мартин из Университета Дюссельдорфа рассмотрели вопрос о том, откуда возникла эта энергия и почему живые клетки сохраняют ее. Биохимические процессы клеток протекают в закрытых "отсеках". И именно наличие мембраны позволило протоклеткам пройти ключевой этап эволюции до полноценных живых клеток.

"В сущности, жизнь - это побочный продукт реакции освоения энергии", - сказал Ник Лэйн.

Во всех примерах фиксации углерода живыми клетками энергия, получаемая благодаря дыханию, хранится в виде ионных градиентов на мембранах клеток. Этот факт столь же свойственен жизни, как генетический код. Мартин и Лэйн показали, что бактерии, растущие на водороде и углекислом газе, удивительно схожи в своем углеродном и энергетическом метаболизме с химией процессов, происходящих в глубоководных термальных жерлах.

На основании проделанных измерений исследователи показали, что естественный градиент протонов, действуя через тончайшие полупроводниковые стенки минералов железа и серы, может привести к ассимиляции органического углерода. В результате получилась протоклетка, "живущая" внутри отверстий каменной ячейки и еще не обладающая собственной оболочкой. Сами же минералы выступали в роли современных ферментов и катализаторов древнейшего метаболизма. Позже протоклетки каким-то образом образовали собственную мембрану и покинули свои минеральные убежища.

Эти соображения также объясняют глубокие расхождения между бактериями и археями - одноклеточными микроорганизмами - так как клеточная мембрана у них возникла независимо и, значит, довольно поздно. Впервые, по словам ученых, можно проследить последовательный путь - ведущий от воды, камней и углекислого газа к сегодняшней живой клетке.

The Origin of Membrane Bioenergetics


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Абиогенез
СообщениеДобавлено: 31 июл 2013, 10:10 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 17 авг 2012, 19:45
Сообщения: 2461
КОМПЬЮЛЕНТА писал(а):
Жизнь возникла благодаря взаимопомощи жирных кислот и азотистых оснований

Кирилл Стасевич — 30 июля 2013 года, 18:32

Первые РНК на Земле возникли благодаря жирным кислотам, которые концентрировали азотистые основания, необходимые для их синтеза. В свою очередь, компоненты РНК стабилизировали липидные пузырьки, в состав которых входили эти жирные кислоты.

Когда учёные пытаются представить, как на Земле возникала жизнь, их фантазии в конечном счёте предстают в виде липидных пузырьков, в которых заключена рибонуклеиновая кислота. Роль РНК тут понятна: она нужна для хранения и копирования информации. Выбор на эту роль её, а не ДНК, обоснован в мощной гипотезе РНК-мира (если коротко, то именно РНК, а не ДНК, способна сама, без посторонней помощи, выполнять некие химические операции, необходимые для копирования информации).

Изображение
Когда-то похожие жировые пузырьки приманивали к себе сырьё для постройки первых на Земле нуклеиновых кислот. (Фото Shutterstock.)

Однако любая химическая реакция, и уж тем более та, при которой азотистые основания соединяются в полимерную нуклеиновую кислоту, происходит только при определённой концентрации реагентов. Если реагенты сильно разведены, если одно основание находится на одном краю первичного океана, а второе — на другом, то вероятность их встречи примерно равна нулю, и никакой РНК и ДНК тут просто не получится. Вот тут-то и выходят на сцену липидные пузырьки, которые играют роль химических нанореакторов: запертые в них реагенты, необходимые для синтеза РНК, легко найдут друг друга.

Но как древнейшие азотистые основания и древнейшие жирные кислоты могли найти друг друга в первичном океане? Ответ на этот вопрос дают исследователи из Вашингтонского университета (США): они обнаружили, что азотистые основания, из которых состоит РНК, обладают повышенным сродством к капроновой кислоте. Именно капроновая кислота, как считается, могла быть среди тех, которые на заре жизни формировали первичные липидные пузырьки.

То есть сами жирные кислоты могли служить концентраторами для реагентов синтеза нуклеиновых кислот, доводя их содержание до нужного уровня. Но это ещё не всё. Сара Келлер и её коллеги выяснили, что азотистые основания хорошо защищают липидные структуры от солёной воды, которая вынуждает такие пузырьки слипаться друг с другом, вместо того чтобы плавать отдельными «клетками». Более того, даже некоторые сахара обладают похожим эффектом, причём рибоза, входящая в состав РНК, делает это лучше глюкозы и ксилоза, которые на рибозу очень похожи.

То есть между первыми молекулами, с которых началась жизнь, возникло нечто вроде «химического симбиоза»: жирные кислоты помогали азотистым основаниям в прямом смысле сконцентрироваться, а азотистые основания и сахара стабилизировали структуры, сложенные из жирных кислот. Особенно важно, что для стабилизации из сахаров была нужна именно рибоза: это даёт ещё один аргумент в пользу гипотезы РНК-мира.

Результаты исследования должны появиться в журнале PNAS.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Абиогенез
СообщениеДобавлено: 02 окт 2015, 15:14 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 17 авг 2012, 19:45
Сообщения: 2461
DailyTechInfo писал(а):
Ученые создали первые синтетические клетки, способные к самостоятельному воспроизведению

Изображение

У ученых имеется несколько правдоподобных теорий касательно появления жизни на Земле. И одна из этих теорий говорит о том, что метеориты, постоянно "бомбардирующие" поверхность нашей планеты, занесли из космоса простые органические соединения, называемые аминокислотами. В течение очень долгого времени эти соединения объединялись друг с другом и, в конце концов, на свете появились первые клетки, способные к самостоятельному воспроизведению. Механизмы, стоявшие позади всего этого, являлись загадкой для ученых до последнего времени, ведь, несмотря на возможность самостоятельного воспроизведения, эти первые клетки еще нельзя называть живыми. А недавно, группе японских биологов удалось создать синтетические клетки, способные самостоятельно делиться, подобно первым клеткам, появившимся на Земле. И их исследования дают ученым массу новой информации о процессе развития жизни на Земле от самых простых до самых сложных форм.

Исследователи создали синтетические "протоклетки" из ДНК и белков, упакованных в липидах, жирных органических кислот, оболочка из которых подражает клеточной мембране. Эти сферические клетки еще не являются живыми, но в содержащейся в них ДНК имеется набор инструкций для их самостоятельного воспроизведения при условии совпадения ряда условий окружающей среды. Одним из этих условий является pH-фактор и изменения этого фактора побуждают протоклетку начать процесс деления.

Главной проблемой, которую удалось преодолеть ученым, является обеспечение того, чтобы протоклетки, полученные в результате деления первой клетки, также могли самостоятельно продолжить деление. Для этого ученые разработали метод, позволяющий новым протоклеткам, получившимся в результате деления, объединятся с подобными структурами, находящимися в непосредственной близости. И этот метод сработал - таким образом ученым удалось вывести в лаборатории целых три поколения протоклеток.

Изображение

В настоящее время ученые считают, что они достаточно хорошо изучили циклические процессы, происходящие во время жизненного цикла протоклетки - деление протоклетки, питание (объединение клеток с целью получения нового "строительного материала", созревание (подготовка к делению) и деление (расщепление одной клетки на две новых).

Исследователи считают, что реализованная ими модель наиболее точно демонстрирует процесс зарождения и формирования примитивной жизни путем размножения клеток. И наиболее подходящим местом на Земле, в котором присутствуют все необходимые для таких процессов условия, ученые считают области вокруг геотермальных источников на поверхности и на дне океана. В этих областях присутствует достаточное количество всевозможных органических соединений, которыми протоклетки пополняют запасы строительного материала, и в этих областях могут происходить резкие колебания значения pH-фактора, который является "спусковым крючком" механизма деления.

Тем не менее, данные исследования так и оставили без ответов массу вопросов. Исследователям еще не до конца известно, как генетическая информация влияет на физические параметры протоклеток. Не понимая этих зависимостей еще невозможно проследить путь генетических мутаций, которые превратили первые "неживые протоклетки" в первые живые клетки, в которых начали идти процессы, схожие с процессами, идущими в обычных живых клетках. Однако, ученые не собираются останавливаться на достигнутом и планируют в скором времени синтезировать более сложные протоклетки, изучение которых сможет пролить свет на "работу" заключенной в них генетической информации.

Первоисточник

Nature Communications: A recursive vesicle-based model protocell with a primitive model cell cycle


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Абиогенез
СообщениеДобавлено: 02 окт 2015, 20:13 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 19 янв 2013, 08:30
Сообщения: 39354
Что-то я старттопик не понял, а статью читать пока лень и некогда. Может, кто абстракт переведет? Или так, своими словами перескажет?

_________________
"Религия оскорбляет достоинство человека. С религией или без неё, хорошие люди будут делать добро и плохие люди будут делать зло. Но чтобы заставить хорошего человека делать зло —для этого необходима религия" Стивен Вайнберг


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Абиогенез
СообщениеДобавлено: 02 окт 2015, 21:36 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 17 авг 2012, 21:37
Сообщения: 32291
Откуда: Новороссийск
Я тоже не читал еще. Но то что синтезировали искусственную клетку способную делиться писали еще год назад. Хотя дата статьи свежая.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 02 май 2016, 10:23 
Не в сети

Зарегистрирован: 01 апр 2016, 19:50
Сообщения: 118
(Самопроизвольное) возникновение сложной органической молекулы противоречит законам термодинамики.

Очень хотелось бы знать, каким образом та же реакция Бутлерова противоречит "законам термодинамики".


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 02 май 2016, 11:09 
Не в сети

Зарегистрирован: 19 авг 2012, 11:10
Сообщения: 19167
Ангел Х писал(а):
Самопроизвольное) возникновение сложной органической молекулы противоречит законам термодинамики.


У вас старые представления о термодинамике.
http://scisne.net/a-14

_________________
Что бы там ни было, никогда не принимайте жизнь слишком всерьёз – вам из неё живьём всё равно не выбраться.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 02 май 2016, 11:40 
Не в сети

Зарегистрирован: 01 апр 2016, 19:50
Сообщения: 118
Первый закон термодинамики, сотворенный Богом, гласит: термодинамическая система может совершать работу только за счёт своей внутренней энергии (или каких-либо внешних источников энергии) ...
Неужто первое начало устарело и ТДС сегодня может совершать работу не только за счет своей внутренней энергии? И без каких-либо ВНЕШНИХ источников ее?..

Сотворение первого закона термодинамики должно быть доказано научным методом. Даю сутки на пруф или изложение такового.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 132 ]  На страницу 1, 2, 3, 4, 5 ... 14  След.

Часовой пояс: UTC + 4 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 46


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения

Найти:
Перейти:  
Powered by phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB